La Società Missionaria di San Paolo ha iniziato come un'idea nella mente del suo fondatore, il cardinale Domenico Ekandem. In primo luogo ha concepito l'idea nel 1950, ma ci sono voluti circa 27 anni per maturare e vedere la luce del giorno. 

La Conferenza Episcopale Cattolica della Nigeria ha finalmente preso la decisione di istituire il Seminario Nazionale Missionaria di San Paolo nella riunione di Kaduna, nel settembre 1976. La tempestiva chiamata profetica di Papa Paolo VI a Kampala, in Uganda, per gli africani era di essere missionari a loro stessi aveva creato lo slancio necessario per trasformare l'idea in realtà. Per l'istituzione a decollare, mons dottor Anthony Sanusi, il Vescovo di Ijebu Ode diocesi poi donato i locali dell'ex Teacher Training College di San Marco a Iperu Remo, Ogun State per essere utilizzati come prima casa. In Missione Domenica 25 Ottobre 1977, il seminario è stato aperto sul suo sito temporaneo Iperu Remo. Sacerdoti di San Patrizio Society of Ireland sono stati invitati a contribuire al programma di formazione del seminario. Nel 1978, la Conferenza Episcopale della Nigeria eretta la Società Missionaria di San Paolo come Pia Unione. L'ex Vicario Generale della Diocesi Calabar, Rev. Mons Godwin Akpan, divenne il primo rettore del seminario (1977 - 1988), e più tardi il primo generale che agisce come superiore della Società (1988-1995). 

Il 13 ottobre del 1984, un nuovo sito permanente del campus seminario è stato aperto nel Gwagwalada, Abuja, per lo studio della filosofia e della teologia, e il campus Iperu rimasto la casa di formazione spirituale di due anni. Anche la sede della Società è stata spostata a Abuja. Il primo membro della società addestrato in seminario, don Giovanni OSOM, è stato ordinato sacerdote il 22 giugno 1985 e undici altri membri sono stati ordinati l'anno successivo. Da allora, le ordinazioni sacerdotali sono diventate un appuntamento annuale nel seminario / Società. Finora, la società ordina una media di nove sacerdoti all'anno. 

Le parole di san Paolo "noi siamo ambasciatori per Cristo" (2Cor 5,20) è il motto e la base per l'esistenza della Società. I suoi membri assumono le attività missionarie a tutte le nazioni conformemente al mandato che Gesù Cristo ha dato. Come san Paolo, i membri sono guidati dall'amore di Cristo (Cf 2Cor 5,14) per "essere tutto per tutti" (1Cor 9,22). Anche se prima l'evangelizzazione è la missione centrale, la Società è inoltre impegnata all'apostolato della parola stampata. Gli stretti partner sacerdoti membri della Società sono i Missionari Associati di San Paolo. Questi sono generosi fedeli laici che sostengono il lavoro della Società con il loro tempo, talenti, risorse e preghiere. 

Nel 1986, i membri della Società sono stati inviati in missione all'estero per la prima volta in Camerun, Liberia e gli Stati Uniti d'America. Da allora, in aggiunta a questi paesi e Nigeria, membri della Società ora funzionano in Botswana, Gambia, Malawi, Ciad, Sud Africa, Sud Sudan, Regno Unito, Irlanda, Italia, Svezia, Canada, Germania, Grenada, e le Bahamas . 

Il 17 marzo 1994 la Congregazione della Propagazione della Fede ha dato l'approvazione per l'erezione canonica della Fraternità come Società di Vita Apostolica di diritto diocesano. L'erezione ha avuto ufficialmente luogo nel 1995 Nello stesso anno, il primo Capitolo Generale della Società assistito all'elezione di Very Rev. P. Felix Elosi come primo superiore generale. La Società ha tenuto altri tre capitoli generali successo nel 2001, 2007 e 2013 Il settembre 2013 ha visto l'elezione del molto reverendo Victor Onwukeme, MSP come l'attuale Superiore Generale. Tre membri della Società sono ora vescovi in Nigeria: mons Dr Anthony Adaji, MSP, di Idah diocesi, mons dottor Giacinto Egbebo, MSP, Vescovo di Bomadi Vicariato, e Mons Dr. Anselm Umoren, il Vescovo Ausiliare Arcidiocesi di Abuja. 

La Società alla data aprile 2014 ha un numero totale di 260 sacerdoti membri. La società che ha iniziato come un atto di fede e di fiducia in Dio, ha continuato ad essere toccato dalla provvidenza, ed è cresciuto in una grande famiglia missionaria. E 'stato un simbolo di unità nella diversità in Nigeria, e ha continuato a soddisfare le necessità della Chiesa in Nigeria e la Chiesa universale. Questo infatti è opera di Dio, ed è mirabile agli occhi nostri. A Lui sia la gloria.